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Predicting infectious SARS-CoV-2 from diagnostic samples (Clin Infect Dis. 2020.05.22)

Abstract
Background: RT-PCR has become the primary method to diagnose viral diseases, including SARS- CoV-2. RT-PCR detects RNA, not infectious virus, thus its ability to determine duration of infectivity of patients is limited. Infectivity is a critical determinant in informing public health guidelines/interventions. Our goal was to determine the relationship between E gene SARS-CoV-2 RT-PCR cycle threshold (Ct) values from respiratory samples, symptom onset to test (STT) and infectivity in cell culture.

Methods: In this retrospective cross-sectional study, we took SARS-CoV-2 RT-PCR confirmed positive samples and determined their ability to infect Vero cell lines.

Results: Ninety RT-PCR SARS-CoV-2 positive samples were incubated on Vero cells. Twenty-six samples (28.9%) demonstrated viral growth. Median TCID50/ml was 1780 (282-8511). There was no growth in samples with a Ct > 24 or STT > 8 days. Multivariate logistic regression using positive viral culture as a binary predictor variable, STT and Ct demonstrated an odds ratio for positive viral culture of 0.64 (95% CI 0.49-0.84, p<0.001) for every one unit increase in Ct. Area under the receiver operating characteristic curve for Ct vs. positive culture was OR 0.91 (95% CI 0.85-0.97, p<0.001), with 97% specificity obtained at a Ct of >24.

Conclusions: SARS-CoV-2 Vero cell infectivity was only observed for RT-PCR Ct < 24 and STT < 8 days. Infectivity of patients with Ct >24 and duration of symptoms >8 days may be low. This information can inform public health policy and guide clinical, infection control and occupational health decisions. Further studies of larger size are needed.


SARS-CoV-2診断用サンプルから感染性を予測する(Clin Infect Dis.2020.05.22)

(要約)
背景:RT-PCRは、SARS-CoV-2をはじめとするウイルス性疾患の診断には欠かせない手法となっている。SARS-CoV-2 を含むウイルス性疾患の診断には、RT-PCR が主流となっている。RT-PCR は感染性ウイルスではなく RNA を検出するため、患者の感染期間を決定する能力は限られている。感染率は、公衆衛生のガイドラインや介入の情報を提供する上で重要な決定因子である。我々の目標は、呼吸器サンプルからの E 遺伝子 SARS-CoV-2 RT-PCR サイクル閾値(Ct)値、検査までの症状発症(STT)、細胞培養における感染性との関係を明らかとすることである。

方法:このレトロスペクティブな横断的研究では、SARS-CoV-2 RT-PCRで確認された陽性サンプルを採取し、Vero細胞株への感染性を評価した。

結果:90 個の SARS-CoV-2 RT-PCR 確認陽性サンプルを採取し、Vero 細胞株への感染能力を調べた。90 個の RT-PCR SARS-CoV-2 陽性サンプルを Vero 細胞上で培養した。26 サンプル(28.9%)がウイルス増殖を示した。TCID50/ml の中央値は 1780(282-8511)であった。Ct>24サイクルまたはSTT>8日のサンプルでは増殖は認められなかった。ウイルス培養陽性を二値予測変数、STTおよびCtとした多変量ロジスティック回帰の結果、Ctサイクル数が1増加するごとの、ウイルス培養陽性のオッズ比は0.64(95%CI 0.49-0.84、p<0.001)であった。Ctサイクル数の陽性培養予測に関するROC曲線下面積はOR 0.91(95%CI 0.85-0.97、p<0.001)であり、Ctが24を超えると97%の特異度が得られた。

結論:SARS-CoV-2 ベロ細胞感染は、RT-PCR Ct<24 および STT<8 日間でのみ観察された。Ct>24、症状の持続期間>8 日の患者の感染性は低い可能性がある。この情報は公衆衛生政策に情報を提供し、臨床、感染管理、労働衛生上の決定を導くことができる。より大規模な研究が必要とされている。

(Smart119 スタッフコメント)
感染性に関する重要な解析結果。「PCR Ct<24サイクル および 症状発症から検査までの期間<8 日間」でのみ感染性が認められた。

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32442256/

#PCR検査#感染性
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